Ngày 28 tháng 10 năm 1958, vị Giáo Hoàng mới đăng quang chào đón giáo dân từ bao lơn cửa sổ nhìn xuống Quảng trường Thánh Phêrô. Xuất thân từ một gia đình nông dân thánh thiện và đạo đức, với nét mặt phúc hậu, dể mến, Đức Angelo Giuseppe Roncalli đang mĩm cười và nói một cách tự nhiên: “Tôi được gọi là Gioan!”.

Về tất cả mọi phương diện Đức Gioan XXIII hoàn toàn khác biệt với tất cả các đấng tiền nhiệm. Đức Pius XII trông có vẻ nghiêm khắc, Đức Gioan XXIII trông có vẻ dể dải và vui tính. Ngài nhiệt tình với cuộc sống, thích bạn bè và quyết tâm cải tổ Giáo Hội hòng đem lại một luồng sinh khí mới.

Đã 77 tuổi đời, tất cả mọi người đều cho rằng ngài là đấng chuyển tiếp, giữ ngôi vị trong một thời gian ngắn chờ đợi cuộc họp mới để bầu lại Giáo Hoàng cho nhiệm kỳ tới. Trong bốn năm rưởi trời ngài là gạch nối giữa hai thế hệ trong lịch sử của Giáo Hội. Ngài đã thay đổi thế hệ mà nhà thần học Karl Rahner gọi là “thế hệ bảo thủ” để mở ra một thế hệ “cấp tiến cởi mở” trong công cuộc đối thoại giữa Giáo Hội và thế giới tiến bộ bên ngoài.

Các sáng kiến được đúc kết chỉ sau ba tháng khi ngài lên ngôi Giáo Hoàng. Ngài cho biết có ý định triệu tập một Công đồng tại Vatican, một Công đồng như vậy chỉ đã được thực hiện từ năm 1870 và lần thứ hai sau Công đồng Trent. Dù tin tức được phổ biến nhưng ít người nghĩ đây là một biến cố quan trọng. Nhưng Đức Gioan muốn đây là lúc mở toan “các cửa sổ” của Giáo Hội để nhận một luồng gío mát mới mẽ thổi vào. Giáo Hội đang cần tiến bộ để theo kịp những trào lưu tân tiến.

Tháng 10 năm 1962 Đức Giáo Hoàng Gioan ngỏ lời trước một Hội đồng gồm 2500 Giám mục đến từ mọi nơi trên thế giới về họp Công đồng sắp tới.

Trong những công việc thường ngày của văn phòng mục vụ, nhiều khi chúng ta phải lắng nghe những lời của những người đầy nhiệt huyết mà một số người cho là quá buông lỏng và hư hỏng.

Chúng ta tin là chúng ta sẽ có những bất đồng ý kiến về những điều được đem ra bàn cải.. Trong hiện tại, Thiên Chúa quan phòng đang huóng dẩn chúng ta đến một trật tự mới trong niềm cảm thông giữa những con người đang nổ lực thi hành những kế hoạch của Thiên Chúa, dù có những khác biệt giữa con ngưởi ý kiến chung vẫn đưa dẩn đến những điều tốt đẹp cho Giáo Hội.

Các Giám mục bảo thủ hăng hái lên án những sai lầm trong thời đại mới. Nhưng Đức Giáo Hoàng Gioan có những ý kiến mới mẽ: “ Giáo Hội luôn chống lại những sai lầm.”

Lại nữa, trong lúc này, hiền thê của đấng Kitô muốn dùng sự thương yêu để chửa lành hơn là hình phạt. Điều mà ngài muốn là có một hội đồng mục vụ, đặt biệt là sự hiệp nhất Kitô giáo, thăng tiến hòa bình, đó là nguồn hy vọng của Giáo Hội là đi tìm ơn gọi và ý nghĩa đích thật của Giáo Hội là Giáo Hội của người nghèo.

Đức Gioan nói rất ít rong bài diển văn khai mạc, nhưng ngài luôn can thiệp khi có những bế tắc.Tài liệu đầu tiên về Mặc Khải (Revelation) bị số đông các Giám mục loại bỏ, nhưng không đủ túc số để gạt bỏ hoàn toàn. Chính Đức Gioan XXIII chĩ thị xem xét lại toàn bộ. Điều này làm cho số đông Giám mục phải bắt đầu lại tư sơ khởi với một nhóm chuyên viên mà có vài vị đã bị Vatican kiểm duyệt, như Karl Rahner, Yves Congar, Henri de Lubac và John Courtnêy Murray.

Bắt đầu tổ chức Công đồng Đức Gioan không sống trọn thời gian để nhìn sứ vụ hoàn tất. Ngài đang bị bệnh ung thư ruột và trong những tháng cuối cùng thật là khốn khổ. Tuy vậy ngài đi cho đến đoạn đường cuối cùng trong cái vui hài hước và khiêm nhường: “Hành trang đã sẵn và tôi sắp phải lên đường.”

Trên gường bệnh ngài đọc sứ điệp cuối cùng cho Giáo Hôi mà ngài yêu quí.

“Bây giờ hơn bao giờ hết, trong những thế kỷ vừa qua, chúng ta có ý định chỉ phục vụ riêng người Công Giáo, cương quyết bảo vệ trên hết mọi sự ở đâu có nhân quyền đụng chạm đến Giáo Hội Công Giáo; không phải là Phúc Âm có thay đổi nhưng chúng ta bắt đầu hiểu biết sâu xa hơn. Thời điểm đã đến, khi chúng ta nhận biết dấu thời gian, hãy nắm lấy cơ hội và hãy có một tầm nhìn thật xa và rộng.”

Đức Gioan XXIII qua đời ngày 3 tháng 6 năm 1963. Chỉ trong vòng vài năm ngắn ngủi, ngài được toàn thế giới ngưởng mộ và được tất cả mọi người thương tiếc. Ngài được phong Chân Phước năm 2000.