Lễ Tuyên ngôn Độc lập khai sinh nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa năm 1945 được chọn vào mùng 2 tháng 9 nhằm trùng ngày lễ kính các đấng tử đạo Việt Nam. Giám mục Phaolô Lê Đắc Trọng kể lại lý do chủ tịch Hồ Chí Minh chọn ngày này là theo gợi ý của bác sĩ Vũ Đình Tụng, một người Công Giáo. Đương thời, các đấng chân phước tử đạo Việt Nam được mừng kính hằng năm vào Chúa nhật đầu tiên của tháng 9 mà năm đó rơi vào ngày 2 tháng 9. Dự định rằng người Công Giáo tham dự thánh lễ đông đảo và có thể dễ dàng tham gia mít-tinh sau đó.

Chủng sinh Phaolô Trọng khi đó chứng kiến ông Võ Nguyên Giáp được cử tới dự thánh lễ tại Nhà thờ Lớn Hà Nội một cách trang nghiêm: “Lễ trong nhà thờ kết thúc tốt đẹp, quy tụ đạo đời, chính quyền, dân sự, với niềm hân hoan phấn khởi kính mừng Các Đấng Anh hùng Tử đạo, gắn liền vào ngày trọng đại của lịch sử đất nước.” Nhà thờ được treo cờ đỏ sao vàng và sau thánh lễ, đông đảo các đoàn thể Công Giáo với trang phục, đội ngũ chỉnh tề đã kéo về dự mít-tinh tuyên bố độc lập tại Quảng trường Ba Đình.

Tông thư “Maximum illud” năm 1919 của Đức Giáo Hoàng Biển Đức XV nhấn mạnh sứ mạng loan truyền Phúc m của Giáo hội cần độc lập với các thế lực thực dân, đồng thời ủng hộ hàng ngũ giáo sĩ bản địa. Thập niên 1930, chính quyền thực dân Pháp quyết liệt chống đối việc Tòa Thánh Rôma bổ nhiệm các giám mục Việt Nam. Phong trào độc lập dân tộc của người Công Giáo Việt Nam lên cao với sự bênh vực của Vatican trước sự kinh ngạc của Pháp. Các nghiên cứu mới nhất (Claire Thi Lien Tran, Charles Keith, Lan A. Ngo) cho thấy rằng thực tế Tòa Thánh và giới Công Giáo Việt Nam không cộng tác với thực dân Pháp như vẫn được tuyên truyền theo quan niệm “chính thống”.

Cũng như nhiều thành phần người dân Việt Nam, người Công Giáo đón mừng sự tuyên bố độc lập của nước nhà. Cả bốn vị giám mục người Việt lúc đó đều ủng hộ chính quyền mới; giám mục Tađêô Lê Hữu Từ nhận lời mời làm cố vấn tối cao của chính phủ. Thế nhưng năm 1945 cũng lại là chiếc hộp Pandora mở ra một giai đoạn lịch sử đầy biến động của đất nước Việt Nam, trong đó có giáo hội.

Thực dân Pháp quay trở lại Đông Dương khi Việt Minh đang nắm quyền mà chưa bộc lộ bản chất là một tổ chức do cộng sản lãnh đạo. Giám mục Lê Đắc Trọng nhận định: “Họ thay đổi hình dạng luôn luôn, nên họ dễ tồn tại và phát triển. Cái động lực giúp họ mạnh lên, luôn luôn là núp dưới tinh thần ái quốc. Lúc này mà nói đến cộng sản ra lãnh đạo, dân ta chắc không ai theo, trừ mấy người đã là cộng sản, nên họ đổi thành Việt Minh, vẫn ranh ma, vẫn khéo léo xoay chiều, luồn lọt…” Đó là thời kỳ đầy thù ghét, tranh đấu và đổ máu, theo như David G. Marr. Các đảng phái như cộng sản đệ tứ Trốt-kít và Đảng Đại Việt bị đàn áp từ sớm; Việt Quốc, Việt Cách và Việt Minh mạt sát nhau trước khi hai đảng đối lập bị thanh trừng hay buộc phải lánh đi. Việt Minh cũng dần thể hiện xung đột với một số hội nhóm, phong trào tôn giáo trong đó có cả Phật giáo, Nho giáo, Cao Đài, Hòa Hảo, tín ngưỡng dân gian, và Công Giáo.

Giám mục Lê Hữu Từ nhân đường lối chiến tranh nhân dân của chính quyền đã vũ trang và thành lập lực lượng tự vệ ở Địa phận Phát Diệm, sau này mở rộng thêm Bùi Chu, để phòng vệ trước cả thực dân Pháp và cộng sản. Cố vấn tối cao Lê Hữu Từ tỏ rõ quan điểm với chủ tịch Hồ Chí Minh: “Tôi và dân Công Giáo Phát Diệm đoàn kết và triệt để ủng hộ cụ trong công cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp giành độc lập tự do cho Tổ quốc nhưng nếu cụ là cộng sản thì tôi chống cụ từ giờ phút này.”

Trong suốt cuối thập niên 1940, khu tự vệ Phát Diệm–Bùi Chu giữ được sự độc lập khỏi cả thực dân Pháp và Việt Minh dù cả hai thế lực này đều cố lôi kéo lực lượng Công Giáo về phía mình. Tòa Thánh luôn cản trở những yêu cầu của giới chức Pháp, còn đối với phong trào cộng sản Việt Nam, từ tháng 6 năm 1948, Tòa Thánh nhận thấy họ không phải là những người yêu nước mà là một đảng chống tôn giáo sẽ tiến hành việc bách hại các tín hữu Việt Nam. Đức Giáo Hoàng Piô XII ra sắc lệnh lên án mọi sự hợp tác với cộng sản, là những người theo thuyết vô thần và duy vật. Cuối năm 1949, Đảng cộng sản Trung Quốc chiếm được toàn bộ Hoa lục, còn quân Pháp thì nhảy dù đòi can thiệp vào khu tự vệ Công Giáo. Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ngày càng gắn kết với khối cộng sản quốc tế, trong khi Quốc gia Việt Nam phi cộng sản do cựu hoàng Bảo Đại đứng đầu và được Hoa Kỳ hậu thuẫn đang trỗi dậy.

Tháng 4 năm 1951, khu tự vệ Phát Diệm–Bùi Chu phải sáp nhập vào Quốc gia Việt Nam nhưng hai địa phận này vẫn chống Pháp kịch liệt. Giám mục Lê Hữu Từ luôn cứng rắn chống Pháp và là cái gai trong mắt tướng J. Lattre de Tassigny. Giữa thời cuộc chiến tranh, khu vực này là nơi đón nhận người dân thuộc đủ giai cấp, không phân biệt lương, giáo đổ về lánh nạn. Trong hồi ký của mình, nhạc sĩ Phạm Duy xác nhận lý do ông đến ở giữa những người Công Giáo sau khi rời bỏ chiến khu của Việt Minh: “Không theo Pháp, không theo Việt Minh, không chịu sự chỉ huy của Phủ Thủ Hiến, họ có quân đội riêng, có tổ chức hành chính riêng. Đó là một thứ mầm mống của chính thể quốc gia sau này. Đặt bước chân đầu tiên vào vùng Bùi Chu-Phát Diệm này, tôi xác định là tôi về với quốc gia, không phải về với Pháp.”

Riêng Địa phận Công Giáo Hà Nội trải dài từ đô thành nơi chính quyền quốc gia nắm giữ tới những nơi mà chiến sự ác liệt diễn ra hằng ngày. Trước tình hình khó khăn và nhiễu nhương như thế, Giám mục Giuse Maria Trịnh Như Khuê vẫn có thể xử lý quân bình trước cả hai phía và tập hợp quanh ngài nhiều nhân vật trí thức và đạo đức.

Giữa rất nhiều thử thách và bách hại do cả thực dân lẫn cộng sản mang tới, lòng yêu nước của người Công Giáo được biểu hiện theo các cách khác nhau, minh chứng rằng lòng yêu nước và tinh thần tự do đúng nghĩa sẽ không thuộc về một tổ chức nhà nước chuyên chính nào cả. Nhìn lại 75 năm qua có thể thấy rõ người dân đã có được "nhân quyền, tài quyền, dân quyền, " gồm cả tự do tín ngưỡng, tự do tư tưởng, ngôn luận, hội họp như đã được hứa hẹn hay chưa.