Ngày thứ Ba 28/11/2006
Lúc 9h (giờ Rôma) ngày thứ Ba 28/11/2006, Đức Thánh Cha sẽ ra phi trường quốc tế Leonardo Da Vinci (Fiumicino) Rôma để đáp máy bay đi Ankara (Thổ Nhĩ Kỳ). Lúc 13h cùng ngày Đức Thánh Cha đến phi trường quốc tế Esemboğa. Trên đường đến dinh tổng thống, Đức Thánh Cha sẽ ghé thăm bảo tàng viện quốc gia Atatürk Mausoleum. Đức Thánh Cha sẽ được tổng thống Thổ Nhĩ Kỳ và phó thủ tướng tiếp đón tại dinh tổng thống. Buổi chiều cùng ngày, Đức Thánh Cha sẽ gặp gỡ đại diện các tôn giáo và bộ trưởng bộ Tôn Giáo Thổ Nhĩ Kỳ. Trong dịp này, Đức Thánh Cha sẽ đọc một diễn văn quan trọng liên quan đến Hồi Giáo.
Sau cuộc gặp gỡ với đại diện các tôn giáo, vào buổi tối, Đức Thánh Cha sẽ gặp gỡ ngoại giao đoàn. Dịp này, Đức Thánh Cha cũng sẽ đọc một bài diễn văn.
Ngày thứ Tư 29/11/2006
Sáng ngày thứ Tư 29/11/2006, tại Êphêsô, Đức Thánh Cha sẽ cử hành thánh lễ và giảng trong thánh lễ này.
Phần chính yếu trong ngày thứ tư là buổi tiếp đón Đức Thánh Cha tại Vương Cung Thánh Đường St. George do Tòa Thượng Phụ Đại Kết Chính Thống Giáo Constantinople tổ chức. Sau buổi tiếp đón, Đức Thánh Cha sẽ có cuộc hội đàm với Đức Thượng Phụ Đại Kết Barthôlômêô I.
Ngày thứ Năm 30/11/2006
Sáng thứ Năm 30/11/2006, Đức Thánh Cha và Đức Thượng Phụ sẽ cử hành Phụng Vụ Thánh tại Vương Cung Thánh Đường St. George. Sau bài giảng của Đức Thánh Cha, là phần công bố Tuyên Ngôn Chung Công Giáo-Chính Thống Giáo.
Sau đó, Đức Thánh Cha đến cầu nguyện tại nhà thờ St. Sofia, nay đã biến thành bảo tàng viện.
Rời bảo tàng viện St. Sofia, Đức Thánh Cha đến cầu nguyện chung với Đức Thượng Phụ Mesrob II tại Vương Cung Thánh Đường của Giáo Hội Armenia Tông Truyền.
Buổi chiều Đức Thánh Cha có cuộc gặp gỡ với Đức Thượng Phụ Chính Thống Giáo nghi lễ Syria và với đại giáo trưởng Do Thái Giáo tại Thổ Nhĩ Kỳ.
Buổi tối, Đức Thánh Cha gặp gỡ và dùng bữa với các Đức Giám Mục Công Giáo Thổ Nhĩ Kỳ.
Ngày thứ Sáu 1/12/2006
Sáng thứ Sáu 1/12, Đức Thánh Cha cử hành thánh lễ tại Vương Cung Thánh Đường Công Giáo Thánh Linh. Ngài sẽ ban huấn từ cho cộng đoàn Công Giáo Thổ Nhĩ Kỳ.
Sau thánh lễ, Đức Thánh Cha sẽ ra phi trường Istanbul. Tại đây, sẽ có nghi thức chào tạm biệt Đức Thánh Cha. Lúc 13:15, Đức Thánh Cha sẽ lên máy bay của không quân Italia để về Vatican.
Đức Thánh Cha sẽ về đến phi trường quân sự Ciampino lúc 14:45 giờ Rôma.