Roma : - Lúc 17 giờ thứ 17/09/2002, tại Casa di Cura Pio XI, đã có lễ nghi liệm xác ÐHY Phanxicô, do Ðức Giám mục Piero Marini, Trưởng Phòng Lễ nghi của Phủ Giáo hoàng, chủ tọa, với sự hiện diện của ÐHY Roger Etchegaray, cựu chủ tịch Hội đồng Công lý và Hòa bình, của Ðức Cha Giampaolo Crepaldi, Tổng Thư ký Hội đồng Tòa Thánh về Công Lý và Hòa bình, của Ðức Ông Barnaba Nguyễn văn Phương, Bộ Rao giảng Tin Mừng cho các dân tộc, Ðức Ông Phanxicô Trần văn Khả, Bộ Phụng tự và Kỷ luật Bí tích, Ðức Ông Ða minh Dư tác Thiện, Giám đốc Nhà Phát diệm, Cha Giuse Hoàng minh Thắng, chủ tịch Hội Liên Tu Sĩ Roma. Ðức Ông Giuse Ðinh đức Ðạo, Phụ trách Công giáo Việt Nam hải ngoại, vừa từ Hoa kỳ trở lại Roma, và với sự tham dự của một số rất đông anh chị em tín hữu Công giáo và các người đã quen biết ÐHY. Trước lễ nghi liệm xác, Ông Thống đốc Ngân hàng quốc gia Ý, Antonio Fazio, bạn thân của ÐHY, đã đến kính viếng và từ biệt ngài. Trong thời gian điều trị tại Bệnh Gemelli và Casa di Cura Pio XI, ông thường dến viếng thăm ngài.

Sau khi đã đặt thi hài vào quan tài, một viên chức của Văn Phòng Lễ nghi đọc Tiểu sử dài của ÐHY Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận. Sau đó Bản văn được một số đại diện ký tên, rồi được đút vào một ống sắt, buộc băng tím và đặt trong quan tài. Tiểu sử này, hôm sau được đăng lại trên báo L'Osservatore Romano (18/09/2002).

Cộng đồng Công giáo Việt nam ở Roma đã tham dự đông đảo Lễ nghi Liệm xác, bằng Kinh Mân côi và các bài hát có tính cách dân tộc. Một lễ nghi rất cảm động, nhất là lúc đóng quan tài, gắn lại và đóng ấn chì. Nhiều người đã lau nước mắt, vì từ nay không còn được thấy Vị chủ chăn nhân lành, can đảm, dịu hiền, đáng mến, đầy yêu thương đối với mọi người.

Sau đó quan tài được chở đến Giáo Hoàng Học viện Thánh Phêrô (Collegio San Pietro) nơi ÐHY Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận đã cư trú trong ba năm (1955-1958) để theo học tại Ðại Học Urbaniana. Thi hài được đặt trên một bục cao trước bàn thờ chính, bên cạnh có các chậu cảnh, cây Nến Phục sinh và Thánh giá Chúa. Ban
Giám đốc và sinh viên đã đón tiếp thi hài bằng hát kinh chiều - Sáng hôm sau (18/09/2002), Ban giám đốc và các sinh viên linh mục dâng thánh lễ cầu nguyện cho ÐHY Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận, cựu sinh viên của trường. Thánh lễ do Linh mục Phêrô Trần đoàn Kết, cựu sinh viên và là người đã sống nhiều năm gần ÐHY, được Cha Giám đốc Học viện chỉ định chủ tế. Giảng trong thanh lễ, vị chủ tế nhấn mạnh điểm quan trọng này: ÐHY Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuậnlà một chứng nhân đức tin. Ngài không đổ máu, nhưng đã chịu giam tù trong nhiều năm vì trung thành với Chúa, với Giáo hội và với vị kế nghiệp Phêrô. Chính ÐTC Gioan Phaolô II cũng đề cao điểm này trong ba bức diện văn gửi cho Hội đồng Tòa Thánh về Công lý và Hòa bình, cho Ðức Giám mục Chủ tịch HÐGM Việt nam và cho Bà cụ Thân mẫu của ÐHY. Ngày nay, thế giới cần có nhiều chứng nhân và muốn nghe các chứng nhân. ÐTC Phaolô VI nói: "Thế giới ngày nay muốn nghe các chứng nhân hơn là các vị giảng thuyết lỗi lạc và nếu thế giới lắng nghe các vị giảng thuyết lỗi lạc, là vì các vị này là những chứng nhân đáng tin cậy. Do đó chúng ta thấy ÐHY Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận được rất nhiều nơi mời đi giảng và sau cùng chính ÐTC cũng chỉ định ngài giảng Tuần Tĩnh tâm Mùa chay cho Giáo Triều, cách đây hai năm.

Vào lúc 9 giờ, thứ tư ngày 18 tháng 9 năm 2002, thánh lễ do anh chị em Liên Tu sĩ Roma tổ chức và do Cha Giuse Hoàng Minh Thắng, chủ tịch, chủ tế. Giảng trong thánh lễ, vị chủ tế nêu lên một trong các điểm đặc biệt của ÐHY: tinh thần khó nghèo, quên mình, nghĩ đến người khác. Rồi ngài kết thúc: Chúng ta đừng hỏi tại sao Chúa lại cất ÐHY của chúng ta về, mà hãy cùng nhau cảm tạ Chúa vì đã ban ngài cho chúng ta.

Ban chiều thứ tư (18/09/2002), lúc 4 giờ chiều, thánh lễ do gia đình thân nhân và các con cái thiêng liêng của ÐHY tổ chức.
Như vậy, hàng ngày, trong lúc thi hài đặt trong nhà nguyện của Học viện, đều có ít nhất hai thánh lễ cầu nguyện cho ÐHY. Thứ sáu 20/09/2002, sau thánh lễ ban sáng, lúc 16 giờ, thi hài sẽ được chở đến Ðền thờ Thánh Phêrô, để cử hành Lễ an táng lúc 17.30.

Trong những ngày này, có nhiều người, cá nhân hoặc đoàn thể đến kính viếng và cầu nguyện bên thi hài của ÐHY. Xem ra sau khi qua đi, ngài lại được nhiều người quí mến hơn lúc còn sống. Nhiều người nhận thấy thiếu vắng sự hiện diện của một người cha, người thầy và người bạn.