Đức Thánh Cha đã lên án cuộc tấn công khủng bố tại đền thờ Hồi Giáo Najaf, thuộc Iraq vừa diễn ra hôm thứ Sáu 29/08/2003 gây thiệt mạng cho một nhà lãnh đạo Hồi Giáo và 80 người khác. Trong điện văn do Đức Hồng Y Angelo Sodano, quốc vụ khanh Tòa Thánh, gởi đi, Đức Thánh Cha đã bày tỏ lòng thương cảm và hứa cầu nguyện cho các nạn nhân của hành vi khủng bố này. Ngài cũng “phó dâng các nạn nhân trong tình yêu và lòng thương xót của Thiên Chúa, cầu xin ơn an ủi cho những ai sầu khổ”.
Trong điện văn này, Đức Thánh Cha lên án “tất cả các hình thức bạo lực và đổ máu” và tái kêu gọi “tất cả các tín đồ của các tôn giáo trên thế giới và những người thiện chí chống lại bất cứ các loại gây hấn”.
Đức Thánh Cha mời mọi người hãy hoạt động cho một “kỷ nguyên mới của hòa bình và công lý trong đó những vi phạm chống lại đời sống và phẩm giá con người sẽ không có chỗ đứng”.
Ngày 2/9/2003, hàng ngàn người đã tham dự đám tang của Ayatollah Mohammed Baqir al-Hakim. Al-Hakim, một nhà lãnh đạo nổi bật của Hồi Giáo Shiite (chiếm đa số tại Iraq) đã tán thành một sự hợp tác thận trọng với các lực lượng chiếm đóng.
Ủy ban Quản Trị Iraq do Hoa Kỳ ủng hộ đã chỉ định một nội các gồm 25 bộ trưởng hôm thứ Hai 01/09/2003. Em của ông Al-Hakim là Abdel-Aziz al-Hakim là một thành viên trong nội các này.